Comprehensive EST analysis of Atlantic halibut (Hippoglossus hippoglossus), a commercially relevant aquaculture species

Susan E Douglas*†, Leah C Knickle†, Jennifer Kimball† and Michael E Reith†

Published: 4 June 2007

Halibut atlantik adalah flatfish air dingin atlantik utara, menunjukkan potensi yang baik untuk akuakultur, dagingnya berwarna putih. Yang termasuk kedalam flatfish misalnya Halibut, Flounder, Turbot, dll. Dalam memproduksi flatfish tercatat 15-20 tahun terakhir ini. Di Jepang Turbot, Halibut atlantic telah berhasil dicapai, meskipun efisiensi perbaikan masih sangat diperlukan. Produksi Halibut atlantik relatif, dan negara yang sedang berlangsung adalah diantaranya Norwegia,  Islandia, Skotlandia dan Kanada. Kematian Flatfish yang signifikan adalah pada tahap larva, serta kelainan perkembangan seperti malpigmentation, deformitas tulang, dan mata migrasi lengkap.

Hati, kepala ginjal dan limpa terbukti menjadi sumber informasi genetik tentang hematopoiesis dan fungsi kekebalan tubuh pada ikan ini. Dari hematopoiesis dalam ikan dan survei EST ginjal ikan zebra mengungkapkan banyak wawasan ke dalam proses ini. Dari Atlantik halibut EST survei, banyak komponen komplemen, kekebalan jenis reseptor, lektin, protein pertahanan, MHC I dan II komponen, sitokin, kemokin serta sinyal transduksi molekul dan faktor-faktor transkripsi yang terlibat dalam ekspresi gen kekebalan diidentifikasi.

Identifikasi urutan mikrosatelit di Atlantik EST halibut akan membantu dalam penyelesaian genetik hubungan peta Atlantik halibut yang saat ini sedang dibangun. Karena mikrosatelit terkait dengan gen, mereka berguna sebagai Tipe I penanda.

Penambahan lebih dari 7700 EST, 5040 yang secara fungsional beranotasi, secara signifikan meningkatkan genom yang tersedia. Mengingat tinggi urutan tingkat kesamaan antara spesies flatfish, Atlantic halibut EST akan menarik untuk flatfish peneliti pada umumnya, serta halibut akuakultur penelitian masyarakat. Survei EST telah memberikan sejumlah penanda mikrosatelit yang telah ditempatkan di Atlantik halibut. Hal ini juga meletakkan dasar untuk desain dan konstruksi microarray untuk mempelajari ekspresi gen di bawah kondisi lingkungan yang berbeda untuk lebih memahami dampak gizi, stres, dan kondisi lingkungan pada produksi perikanan budidaya.

Sumber :

http://www.springerlink.com/content/mk511251u40004u7/

Bioinformatic of aquaculture

STUDI BIOINFORMATIKA MIKROBA Streptomyces PENYANDI GEN TGase PENGHASIL ENZIM TRANSGLUTAMINASE

Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru dan muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein. Studi bioinformatika telah digunakan untuk membuat primer degeratif gen penyadi enzim transglutaminase (TGase). Pada jurnal ini memaparkan studi bioinformatika pada sekuen basa dan asam amino mikroorganisme penyandi gen transglutaminase. Pada penelitian ini Jenis mikroba yang digunakan yaitu mikroba sumber gen dan mikroba inang. Mikroba sumber gen adalah mikroba hasil pencarian melalui studi bioinformatika, yaitu bakteri kelompok Streptomyces dan kelompok Streptoverticillium, sedangkan yang akan digunakan untuk sel inang adalah Escherichia coli yang merupakan mikroba non patogen yang sudah dikomersialkan sehingga penanganannya relative lebih mudah untuk ekspresi protein.

Dari hasil penelusuran tersebut, terdapat banyak mikroorganime penyandi gen Tgase yang menghasilkan produk berupa enzim transglutaminase diantaranya adalah kelompok Streptomyces dan Streptoverticillium. Mikroorganisme penyandi gen Tgase tersebut seperti yang terlihat pada tabel 1 yaitu: Streptomyces fradie, Streptomyces netropsis, Streptomyces baldaccii, Streptomyces cinnamoneus, Streptomyces paucisporogenesis, Streptomyces platensis, Streptomyces caniferus, Streptomyces mobaraensis 1244, Streptomyces mobaraensis 1246 dan Streptoverticillium mobaraense, dan streptoverticillium sp.

jurnal dapat dilihat pada :

http://www.bbrp2b.kkp.go.id/publikasi/prosiding/2008/brawijaya/17.%20STUDI%20BIOINFORMATIKA%20MIKROBA%20Streptomyces%20PENYANDI%20GEN%20TGase.pdf

Bioteknologi Perikanan Budidaya

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Bermacam database telah dibuat dan banyak perangkat lunak telah diciptakan. Aplikasi TI dalam bidang biologi/life sciences telah melahirkan bidang Bioinformatika.

Dengan canggihnya teknologi informatika, menjadikan banyaknya penemuan-penemuan baru, terutama di bidang perikanan budidaya, misalnya dengan adanya ilmu rekayasa genetika, mulai dari rekayasa media budidaya, ikan, hingga pasca panen.

Bioteknologi menciptakan ikan-ikan baru yang dihasilkan melalui rekayasa gen. pada tahap pasca panen, bioteknologi mampu mengubah ikan melalui proses transformasi biologi hingga dihasilkan produk yang bermanfaat bagi manusia.

Rekayasa genetika pada ikan diperlukan karena merupakan alternatif pengembangan budidaya perikanan masa depan. modifikasi genetika mengarah pada perubahan genetika organisme yang tidak ditemukan di alam, termasuk hibrida (keturunan orang tua dari spesies berbeda). pengembangan ikan transgenik menggunakan teknik DNA rekombinan untuk memasukkan materi genetik dari satu organisme ke dalam genom ikan atau organisme lain.

Artikel ini disusun untuk memenuhi tugas 2 Teknologi Informasi, Universitas Diponegoro. 2011.

refrensi:

http://www.wikipedia.com

http://topx666.wordpress.com/tag/bioteknologi

http://www.scribd.com/doc/65384210/bioteknologi-perikanan

PERANAN NCBI (National Centre for Biotechnology Information)

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

1. Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

1. Nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. Protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. Blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein 
4. Tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame. 
5. Tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

2. Mencari referensi penelitian melalui NCBI

Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central. 

PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.

Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.

PERANAN NCBI DALAM PENGEMBANGAN BIOTEKNOLOGI

NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.

Bioteknologi memberikan harapan bagi kesejahteraan umat manusia, mulai dari proses–proses bio yang paling sederhana sampai kepada tingkat yang paling canggih. Karenanya, manusia ditantang untuk memanfaatkan peluang–peluang itu demi kesejahteraannya. Tetapi, bagaimanapun canggihnya teknologi, mungkin dapat memunculkan dampak dalam penerapannya. Maka dengan mengacu pada pengalaman–pengalaman penerapan teknologi pendahulunya, dapatlah digunakan bioteknologi ini secara proporsional dengan memasukkan norma–norma etik secara moral. Etika diperlukan untuk menentukan arah perkembangan bioteknologi, serta penerapannya secara teknis, sehingga tujuan yang menyimpang dan destruktif bagi kemanusiaan dapat dihindarkan. Yang penting pula perlu diterapkan aturan resmi pemerintah dalam pelaksanaan dan penerapan bioteknologi, sehingga ada mekanisme pengawasan yang intensif terhadap bahaya potensial yang mungkin timbul akibat kemajuan bioteknologi.