Rabu, 04 Januari 2012

Comprehensive EST analysis of Atlantic halibut (Hippoglossus hippoglossus), a commercially relevant aquaculture species


Susan E Douglas*†, Leah C Knickle†, Jennifer Kimball† and Michael E Reith†
Published: 4 June 2007

Halibut atlantik adalah flatfish air dingin atlantik utara, menunjukkan potensi yang baik untuk akuakultur, dagingnya berwarna putih. Yang termasuk kedalam flatfish misalnya Halibut, Flounder, Turbot, dll. Dalam memproduksi flatfish tercatat 15-20 tahun terakhir ini. Di Jepang Turbot, Halibut atlantic telah berhasil dicapai, meskipun efisiensi perbaikan masih sangat diperlukan. Produksi Halibut atlantik relatif, dan negara yang sedang berlangsung adalah diantaranya Norwegia,  Islandia, Skotlandia dan Kanada. Kematian Flatfish yang signifikan adalah pada tahap larva, serta kelainan perkembangan seperti malpigmentation, deformitas tulang, dan mata migrasi lengkap.
Hati, kepala ginjal dan limpa terbukti menjadi sumber informasi genetik tentang hematopoiesis dan fungsi kekebalan tubuh pada ikan ini. Dari hematopoiesis dalam ikan dan survei EST ginjal ikan zebra mengungkapkan banyak wawasan ke dalam proses ini. Dari Atlantik halibut EST survei, banyak komponen komplemen, kekebalan jenis reseptor, lektin, protein pertahanan, MHC I dan II komponen, sitokin, kemokin serta sinyal transduksi molekul dan faktor-faktor transkripsi yang terlibat dalam ekspresi gen kekebalan diidentifikasi.
Identifikasi urutan mikrosatelit di Atlantik EST halibut akan membantu dalam penyelesaian genetik hubungan peta Atlantik halibut yang saat ini sedang dibangun. Karena mikrosatelit terkait dengan gen, mereka berguna sebagai Tipe I penanda.
Penambahan lebih dari 7700 EST, 5040 yang secara fungsional beranotasi, secara signifikan meningkatkan genom yang tersedia. Mengingat tinggi urutan tingkat kesamaan antara spesies flatfish, Atlantic halibut EST akan menarik untuk flatfish peneliti pada umumnya, serta halibut akuakultur penelitian masyarakat. Survei EST telah memberikan sejumlah penanda mikrosatelit yang telah ditempatkan di Atlantik halibut. Hal ini juga meletakkan dasar untuk desain dan konstruksi microarray untuk mempelajari ekspresi gen di bawah kondisi lingkungan yang berbeda untuk lebih memahami dampak gizi, stres, dan kondisi lingkungan pada produksi perikanan budidaya.

Sumber :

Selasa, 03 Januari 2012

Bioinformatic of aquaculture

STUDI BIOINFORMATIKA MIKROBA Streptomyces PENYANDI GEN TGase PENGHASIL ENZIM TRANSGLUTAMINASE

Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru dan muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein. Studi bioinformatika telah digunakan untuk membuat primer degeratif gen penyadi enzim transglutaminase (TGase). Pada jurnal ini memaparkan studi bioinformatika pada sekuen basa dan asam amino mikroorganisme penyandi gen transglutaminase. Pada penelitian ini Jenis mikroba yang digunakan yaitu mikroba sumber gen dan mikroba inang. Mikroba sumber gen adalah mikroba hasil pencarian melalui studi bioinformatika, yaitu bakteri kelompok Streptomyces dan kelompok Streptoverticillium, sedangkan yang akan digunakan untuk sel inang adalah Escherichia coli yang merupakan mikroba non patogen yang sudah dikomersialkan sehingga penanganannya relative lebih mudah untuk ekspresi protein.

Dari hasil penelusuran tersebut, terdapat banyak mikroorganime penyandi gen Tgase yang menghasilkan produk berupa enzim transglutaminase diantaranya adalah kelompok Streptomyces dan Streptoverticillium. Mikroorganisme penyandi gen Tgase tersebut seperti yang terlihat pada tabel 1 yaitu: Streptomyces fradie, Streptomyces netropsis, Streptomyces baldaccii, Streptomyces cinnamoneus, Streptomyces paucisporogenesis, Streptomyces platensis, Streptomyces caniferus, Streptomyces mobaraensis 1244, Streptomyces mobaraensis 1246 dan Streptoverticillium mobaraense, dan streptoverticillium sp.

jurnal dapat dilihat pada :